西暦2489年、地球人類率いる銀河連邦と外宇宙種族ボスコニアンは和平を長い戦争を終えた。
ボスコニアンは新たに銀河連邦加入国としてボスコニア共和国を設立、その首都星ダンデリオンⅢでは地球人類とボスコニアン、そしてその混血児が平和に共存する事となる。
それから数百年……西暦2988年、銀河連邦宇宙軍の若きパイロット、カケル・ルナーサ・ダヴェンポートはボスコニア共和国国防軍のパイロット、ジョディ・ライマーと運命的な出会いを果たし、地球人類・ボスコニアン混成部隊ラベンダー・フリートのメンバーに抜擢される。
幼いながらも勇気と優しさを胸に秘めたカケル、女性に似た外見を持ちながらも性別を持たないボスコニアンのジョディは、様々な葛藤を抱えながら、人類に迫る危機に立ち向かう事となる……